Die Hochschule Wismar wird vom Rektorat (ein Rektor und zwei Prorektoren) geleitet.

Der Akademische Senat ist das oberste Gremium der Hochschule, deren 23 Mitglieder ausschließlich aus dem Kreis der Hochschulangehörigen gewählt werden.

Der Hochschulrat, dem mindestens fünf und höchstens acht Mitglieder angehören, wirkt an der Strategiebildung mit, insbesondere bei Fragen des strategischen Managements, der Aufsicht über die Wirtschaftsführung und der gesellschaftlichen Verankerung.

Das klare Profil der Hochschule Wismar (Technik, Wirtschaft und Gestaltung) spiegelt sich in folgende drei  Fakultäten:

Fakultät für Ingenieurwissenschaften (FIW) Faculty of Engineering
Fakultät für Wirtschaftswissenschaften (FWW) Wismar Business School
Fakultät Gestaltung (FG) Faculty of Architecture and Design

Die Fakultäten regeln ihre Organisation durch eine Fakultätsordnung und erlassen die sonstigen zur Erfüllung ihrer Aufgaben erforderlichen Ordnungen.Organe der Fakultät sind der Fakultätsrat und die Fakultätsleitung.

Die Hochschule Wismar erfüllt ihre Verwaltungsaufgaben, auch soweit es sich um
staatliche Angelegenheiten handelt, durch eine Einheitsverwaltung. Die Hochschulverwaltung gliedert sich in Dezernate und dezentrale Verwaltungseinheiten.
An der Hochschule Wismar existieren außerdem zentrale wissenschaftliche Einrichtungen und organisatorische Einheiten zur Erbringung von Leistungen für Lehre und Forschung. Außredem unterstützen Serviceeinrichtungen die Hochschulangehörigen.

Rechte und Pflichten sind in der Grundordnung der Hochschule Wismar festgelegt.

Drei Hochschul-GmbHs übernehmen im Auftrag der Hochschule Wismar spezielle Dienstleistungen. Die Hochschule Wismar Service GmbH wurde 2000 gegründet, die Forschungs-GmbH Wismar 2002 und die Wismar International Graduation Services GmbH 2004.